편두통의 원인은 아직 정확히 알려진 바가 없으나, 뇌혈관이 과도하게 확장되어 생긴 염증반응에 의한 혈관통으로 여겨집니다. 삼차신경 미세전류 자극은 편두통과 관련된 통증신호의 전달을 억제하여 통증이 느껴지는 것을 방해합니다. 또 세로토닌 분비를 촉진하여 뇌혈관 수축을 유발함으로써 편두통을 완화하고 예방합니다.